动物转录组投稿期刊
分类: 教育/科学 >> 科学技术 解析: 《动物学杂志》创刊于1957年。曾于1975～1976年间出过极少量的大字本。因当时被选中可出大字本的期刊全国仅有5种 网站也不错 动物知识的网站 物种 （国内） 上海冈瓦纳自然博物馆 ganvana 中国科普博览 kepu/gb/lives/animal/index 四川动物 SCDW.chinajournal 兽类学报 mammal 植物搜索信息网 lahr/green/greenshowbypic?keys=&sort=&city=&area=&page=1 爬行天下pxtx 爬行物种网站，主要介绍、宣传两栖/爬行动物及有关昆虫知识，建有物种查询系统和图片库、爬虫论坛 野生动物之家animal.ioz.ac 动物保护网站，主要讲解野生动物知识、宣传野生动物保护，树立爱护大自然、爱护动物意识 野生动物网wildlife 动物保护网站，主要介绍、宣传动物保护，栏目有新闻动态、摄影、论坛、专题以及《野生动物》杂志等 动物物种信息网站sdinfo.ioz.ac 北京动物园bjzoo 熊猫生态公园panda 上海动物园shanghaizoo/gb 中国网上动物园chinaezoo 防治外来入侵生物·厦门staq-xm 亚州动物保护网·中国aapn/chinese 中国科学院武汉植物园whiob.ac/default 中国国家生物多样性信息交换所-动物信息节点biodiv.ioz.ac 世界自然基金会中国网站·自然论坛wwfchina/bbs 中国国家濒危物种科学委员会cites 中国濒危物种进出口信息网cites.gov 中国野生动植物网wildlife-plant.gov/wi 中国滇金丝猴网djsh 绿镜头g-lens 观鸟网guanniao 生物资源频道chinabrc 中国鸟类图片库wwfchina/birdgallery/index.s 白鱀豚 baijitun （国外） 鸟类国际birdlife 纽约植物园nybg 奥克兰动物园oaklandzoo 濒危大型猫科动物bigcats.care2 世界哺乳类 (MSW) nmnh.si.edu/msw 世界野生动物基金会(WWF)worldwildlife 野生动物学会(TWS)wildlife 世界物种名录—动物、植物和微生物envirolink/species 加拿大环境保护局鳄鱼鉴定手册flmnh.ufl.edu/natsci/herpetology/CITEScroc/default 欧洲海洋物种记录—海洋科技计划(MAST)下的由欧盟资助的一个研究联盟erms.biol.soton.ac.uk
2010最新SCI影响因子检索收录期刊目录 - 小类:动物学 SCI影响因子主要看你研究结果选，哺乳动物比如遗传、细胞、行为、生态这些方面去投稿
中国科学引文数据库期刊1 动物分类学报C 2 动物学报 C 3 动物学研究 C 4 动物学杂志 C 5 古脊椎动物学报C 6 四川动物 E 7 中国实验动物学报C
植物转录组投稿期刊
SCI: plant disease, phytopathology, MPMI, Plant journal, plant cell国内期刊： 各农业大学学报，植物病理学报之类
以下期刊可供你参考：1.植物病理学报；2.中国生物防治（改名为中国生物防治学报）；3.植物保护学报；4.植物保护；5.农药学学报；6.农药；7.环境昆虫学报；8.植物检疫；9.中国植保导刊
SCI-E2005年植物学（Plant Sciences）期刊+IF值（144种）1. ANNUAL REVIEW OF PLANT BIOLOGY 17.7802. PLANT CELL 11.0883. CURRENT OPINION IN PLANT BIOLOGY 10.8074. TRENDS IN PLANT SCIENCE 9.7015. ANNUAL REVIEW OF PHYTOPATHOLOGY 7.6056. PLANT JOURNAL 6.9697. PLANT PHYSIOLOGY 6.1148. NEW PHYTOLOGIST 4.2859. PLANT BIOTECHNOLOGY JOURNAL 4.25610. MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS 3.92811. PLANT CELL AND ENVIRONMENT 3.60112. CRITICAL REVIEWS IN PLANT SCIENCES 3.46713. JOURNAL OF EXPERIMENTAL BOTANY 3.33614. PLANT MOLECULAR BIOLOGY 0.41615. MOLECULAR PLANT PATHOLOGY 3.32716. PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 3.31717. PLANTA 3.10818. THEORETICAL AND APPLIED GENETICS 3.06319. PHYTOCHEMISTRY 2.78020. JOURNAL OF PLANT GROWTH REGULATION 2.69521. ANNALS OF BOTANY 2.66522. AMERICAN JOURNAL OF BOTANY 2.57223. JOURNAL OF PHYCOLOGY 2.50224. FUNCTIONAL PLANT BIOLOGY 2.49625. PHOTOSYNTHESIS RESEARCH 2.29526. JOURNAL OF NATURAL PRODUCTS 2.26727. TAXON 2.23928. PLANT CELL REPORTS 2.17329. JOURNAL OF VEGETATION SCIENCE 2.11230. PHYSIOLOGIA PLANTARUM 2.11231. ENVIRONMENTAL AND EXPERIMENTAL BOTANY 2.09132. EUROPEAN JOURNAL OF PHYCOLOGY 2.06433. PHYTOPATHOLOGY 2.04934. INTERNATIONAL JOURNAL OF PLANT SCIENCES 1.95035. PLANT BIOLOGY 1.91036. SEED SCIENCE RESEARCH 1.89237. MOLECULAR BREEDING 1.86638. ADVANCES IN BOTANICAL RESEARCH INCORPORATING ADVANCES IN PLANT PATHOLOGY 1.81839. PLANT PATHOLOGY 1.71840. PLANT AND SOIL 1.70341. WEED RESEARCH 1.67042. PLANTA MEDICA 1.62843. PLANT SCIENCE 1.60544. PROTOPLASMA 1.57345. SYSTEMATIC BOTANY 1.55746. PLANT PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY 1.55647. JOURNAL OF ETHNOPHARMACOLOGY 1.55448. PRESLIA 1.54549. ANNALS OF THE MISSOURI BOTANICAL GARDEN 1.54450. WEED SCIENCE 1.53651. EUROPEAN JOURNAL OF PLANT PATHOLOGY 1.53452. APPLIED VEGETATION SCIENCE 1.51753. PLANT DISEASE 1.47954. BOTANICAL JOURNAL OF THE LINNEAN SOCIETY 1.46255. PLANT SYSTEMATICS AND EVOLUTION 1.42156. JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY 1.40357. PHYTOCHEMICAL ANALYSIS 1.39858. BOTANICAL REVIEW 1.34859. PHYTOMEDICINE 1.34860. AQUATIC BOTANY 1.34461. SEXUAL PLANT REPRODUCTION 1.27862. PHYCOLOGIA 1.27163. PHYSIOLOGICAL AND MOLECULAR PLANT PATHOLOGY 1.23864. AUSTRALIAN JOURNAL OF BOTANY 1.20765. JOURNAL OF PLANT RESEARCH 1.20266. AUSTRALIAN SYSTEMATIC BOTANY 1.16267. PLANT CELL TISSUE AND ORGAN CULTURE 1.11368. FLORA 1.08669. REVIEW OF PALAEOBOTANY AND PALYNOLOGY 1.07470. CANADIAN JOURNAL OF PLANT PATHOLOGY-REVUE CANADIENNE DE PHYTOPATHOLOGIE 1.06671. JOURNAL OF ASIAN NATURAL PRODUCTS RESEARCH 1.06572. CANADIAN JOURNAL OF BOTANY-REVUE CANADIENNE DE BOTANIQUE 1.05873. FOLIA GEOBOTANICA 1.03374. PLANT MOLECULAR BIOLOGY REPORTER 1.02975. PLANT ECOLOGY 1.01176. JOURNAL OF THE HATTORI BOTANICAL LABORATORY 0.92377. JOURNAL OF PLANT NUTRITION AND SOIL SCIENCE-ZEITSCHRIFT FUR PFLANZENERNAHRU 0.91278. BRYOLOGIST 0.88679. EUPHYTICA 0.88480. PLANT GROWTH REGULATION 0.84181. BOTANICA MARINA 0.82582. PLANT BREEDING 0.82383. BOTHALIA 0.82184. NEW ZEALAND JOURNAL OF BOTANY 0.81485. JOURNAL OF APPLIED BOTANY-ANGEWANDTE BOTANIK 0.81286. PHOTOSYNTHETICA 0.81087. JOURNAL OF THE TORREY BOTANICAL SOCIETY 0.80988. BIOLOGIA PLANTARUM 0.79289. JOURNAL OF PHYTOPATHOLOGY 0.76190. NOVA HEDWIGIA 0.75691. BREEDING SCIENCE 0.75392. WEED TECHNOLOGY 0.74993. PHYTOCOENOLOGIA 0.74194. VEGETATION HISTORY AND ARCHAEOBOTANY 0.73995. LICHENOLOGIST 0.73896. BOTANICAL BULLETIN OF ACADEMIA SINICA 0.72497. JOURNAL OF APPLIED BOTANY AND FOOD QUALITY-ANGEWANDTE BOTANIK 0.66798. IN VITRO CELLULAR & DEVELOPMENTAL BIOLOGY-PLANT 0.66099. GRANA 0.648100. JOURNAL OF PLANT PATHOLOGY 0.647101. BELGIAN JOURNAL OF BOTANY 0.639102. GENETIC RESOURCES AND CROP EVOLUTION 0.631103. JOURNAL OF BRYOLOGY 0.615104. AUSTRALASIAN PLANT PATHOLOGY 0.587105. BOTANICA HELVETICA 0.577106. SOUTH AFRICAN JOURNAL OF BOTANY 0.577107. PHYTOPARASITICA 0.550108. CRYPTOGAMIE ALGOLOGIE 0.540109. JOURNAL OF PLANT BIOLOGY 0.526110. RHODORA 0.510111. ECONOMIC BOTANY 0.504112. JOURNAL OF PLANT NUTRITION 0.497113. PLANT FOODS FOR HUMAN NUTRITION 0.472114. COMMUNICATIONS IN SOIL SCIENCE AND PLANT ANALYSIS 0.442115. CANADIAN JOURNAL OF PLANT SCIENCE 0.439116. CRYPTOGAMIE BRYOLOGIE 0.439117. ACTA BOTANICA SINICA 0.432118. JOURNAL OF AQUATIC PLANT MANAGEMENT 0.422119. AMERICAN FERN JOURNAL 0.409120. PHARMACEUTICAL BIOLOGY 0.394121. ACTA PHYSIOLOGIAE PLANTARUM 0.379122. ACTA BIOLOGICA CRACOVIENSIA SERIES BOTANICA 0.368123. PLANT BIOSYSTEMS 0.368124. ISRAEL JOURNAL OF PLANT SCIENCES 0.361125. PHYTON-ANNALES REI BOTANICAE 0.348126. JOURNAL OF PLANT BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY 0.338127. ANNALES BOTANICI FENNICI 0.315128. ACTA PHYTOTAXONOMICA SINICA 0.314129. PHYTOPROTECTION 0.306130. CANDOLLEA 0.298131. BRITTONIA 0.288132. SEED SCIENCE AND TECHNOLOGY 0.287133. RUSSIAN JOURNAL OF PLANT PHYSIOLOGY 0.277134. BLUMEA 0.262135. MAYDICA 0.247136. ACTA BOTANICA GALLICA 0.224137. ACTA SOCIETATIS BOTANICORUM POLONIAE 0.220138. ZEITSCHRIFT FUR PFLANZENKRANKHEITEN UND PFLANZENSCHUTZ-JOURNAL OF PLANT DIS 0.176139. NORDIC JOURNAL OF BOTANY 0.169140. NOVON 0.158141. TROPICAL GRASSLANDS 0.158142. PAKISTAN JOURNAL OF BOTANY 0.153143. BANGLADESH JOURNAL OF BOTANY 0.024144. Journal of Integrative Plant Biology 0.000
同意楼上所说
投稿转录组期刊
一般来说，raw data经过以下处理之后叫clean data 1，去掉低质量的reads 2，去掉包含接头(adaptor)的reads 3，去掉包含N过多的reads
建议至少提前18个月准备。相比起国内的医药卫生类期刊，大部分SCI期刊审稿周期较慢，而且对文章审查非常严格。影响因子高的期刊或是冷门的研究方向更是如此。常笑医学里有很多关于SCI期刊投稿的干货，对投稿很有帮助的
中文期刊要转录组数据。1、转录组原始数据，转录组原始数据包括递交原始序列。2、转录组有两部分数据要递交，中文期刊先是拼接的转录组序列，一个是递交到tsa上，另一个是fastq的原始测序数据。
身边发过文章的同学一般是提前一到两年的时间开始准备，据说SCI审稿周期挺长的！被同学安利了常笑医学网，网站上有SCI期刊的审稿周期、录用率和出版周期等关键信息，希望对你有帮助！
植物转录组投稿的sci期刊
要看你的表型明不明显，别人做没做过，能不能讲清楚一个故事。很有新意的可以冲 Plant Cell；别人做过，但是你完善，可以冲Plant J，当时最好做拟南芥；工作量很大可以发Plant Physiology；做了一个完整地故事，然后有在新意上有点欠缺，还可以考虑PCP，New Phytologist再小一点的有plant science,Plant cell report当然如果你觉得很好，还可以往那些公共杂志上投投试试，什么CNS，PNAS，Cell & Development啊，呵呵
这个太多了，有上百种！以下是选出的18种较好期刊，其IF均高于2.0，所占比率约20%。可供读者投稿和检索参考。(1)AnnualReviewofPlantBiology(ANNUREVPLANTBIOL)(2)TrendsinPlantScience(TRENDSPLANTSCI)(3)PlantCell(PlantCell)(4)CurrentOpinioninPlantBiology(CURROPINPAANTBIOL)(5)AnnualReviewofPhytopathology(ANNUREVPHYTOPAYHOL)(6)PlantJournal(PLANTJ)(7)PlantPhysiology(PLANTPHYSIOL)(8)PlantMolecularBiology(PLANTMOLBIOL)(9)CriticalReviewsinPlantSciences(CRITREVPLANTSCI)(10)PlantCellandEnvironment(PLANTCELLENVIRON)(11)MolecularPlant-MicrobeInteractions(MOLPLANTMICROBEIN)(12)JournalofExperimentalBotany(JEXPBOT)(13)PlantandCellPhysiology(PLANTCELLPHYSIOL)(14)NewPhytologist(NEWPHYTOL)(15)Planta(PLANTA)(16)JournalofPlantGrowthRegulation(JPLANTGROWTHREGUL)(17)Phytopathology(PHYTOPATHOLOGY)(18)AustralianJournalofPlantPhysiology(AUSTJPLANTPHYSIOL)
这个太多了，有上百种！以下是根据影响因子结合引文量及“二八律”选出的18种核心期刊，其IF均高于2.0，所占比率约20%。可供读者投稿和检索参考。(1) Annual Review of Plant Biology(ANNU REV PLANT BIOL)《植物生理学和植物分子生物学年评》创刊于1950年，全年1期，原版刊号588B0002；国际刊号：1040-2519；综论植物生理学和植物分子生物学领域的研究进展与成果。影响因子为15.615。(2) Trends in Plant Science (TRENDS PLANT SCI)《植物科学趋势》创刊于1996年，全年12期。原版刊号：588C0008；国际刊号：1360-1385；为从分子生物学到生态学的基础植物科学研究提供跨学科论坛。影响因子为13.405。(3) Plant Cell (Plant Cell)《植物细胞》创刊于1989年，全年12期。原版式刊号：588B0005*；国际刊号：1040-4651；发行出版机构地址：Plant Physiology, P.O. Box 15501 Rockville, MD 20855-2768, USA.ED: American Society of Plant Physiologists。 侧重于植物发育的基因表达的调节以及分子和遗传基础方面的研究。影响因子为10.679。(4) Current Opinion in Plant Biology (CURR OPIN PAANT BIOL)《植物生物学新见》全年6期，原版刊号：588C0084；国际刊号：1369-5266；发行出版机构地址：Current Biology Ltd., 84 The Obalds Rd, London WC1X 8RR, England。影响因子为8.945。(5) Annual Review of Phytopathology (ANNU REV PHYTOPAYHOL)《植物病理学年评》创刊于1963年，全年1期。原版刊号：588B0009；国际刊号：0066-4286；发行出版机构地址：Annual Reviews Inc，评论植物科学领域的研究成果和进展。影响因子为8.257。(6) Plant Journal (PLANT J)《植物杂志》创刊于1991年，全年24期。原版刊号：588C0082；国际刊号：0960-7412；发行出版机构地址：Blackwell Science Ltd., Journal Subscriptions,刊载植物分子科学领域的研究论文。影响因子为5.914。(7) Plant Physiology (PLANT PHYSIOL)《植物生理学》由美国植物生理学会主办，创刊于1926年，全年12期。原版刊号：588B0005；国际刊号：0032-0889；发行出版机构地址：Plant Physiology, P.O. Box 15501 Rockville, MD 20855-2768, USA. ED: American Society of Plant Physiologists。刊载本学科以及生物化学、分子生物学、环境生物学、细胞生物学等研究成果。影响因子为5.634。(8) Plant Molecular Biology (PLANT MOL BIOL)《植物分子生物学》创刊于1984年，全年18期，16开，每期80页。原版刊号：582LB071；国际刊号：0167-4412；发行出版机构地址：Kluwer Academic Publishers, Journals Department, Distribution Centre刊载植物分子生物学与植物分子遗传学基础理论和遗传工程方面的研究论文和实验报告。影响因子为3.795。(9) Critical Reviews in Plant Sciences (CRIT REV PLANT SCI)《植物科学评论》创刊于1983年，全年6期。原版刊号：588B0010；国际刊号：0735-2689；发行出版机构地址：CRC Press Inc.,评论植物科学领域的研究成果和进展。影响因子为3.641。(10) Plant Cell and Environment (PLANT CELL ENVIRON)《植物、细胞与环境》创刊于1978年，全年12期，12开，每期84页。原版刊号：588C0072；国际刊号：0140-7791；发行出版机构地址：Blackwell Science Ltd.刊载绿色植物生理学，包括植物细胞生理学、植物生物化学、环境生理学、农作物生理学和生理生态等方面的研究论文。影响因子为3.613。(11) Molecular Plant-Microbe Interactions (MOL PLANT MICROBE IN)《分子植物与微生物相互作用》创刊于1988年，全年12期，12开，每期56页。原版刊号：582B0109；国际刊号：0897-0282；发行出版机构地址：American Phytopathological Society, 刊载研究论文和评论，包括分子生物学、分子病理遗传学、微生物和植物的共生作用及其对栽培植物、野生植物和植物产品的影响。影响因子为3.580。(12) Journal of Experimental Botany (J EXP BOT)《实验植物学杂志》创刊于1950年，全年12期，18开，每期124页。原版刊号：588C0002；国际刊号：0022-0957；发行出版机构地址：Oxford University Press, 刊载植物生理、生化、生物物理、实验农学等方面的研究论文。读者对象为植物学家、园艺学家、土壤学家、环境与海洋生物学家。影响因子为3.180。(13) Plant and Cell Physiology (PLANT CELL PHYSIOL)《植物和细胞生理学》创刊于1959年，全年12期，16开，每期250页。原版刊号588D0057；国际刊号：0032-0781；发行出版机构地址：日本植物病理学会，T170-8484日本东京都丰岛区驹ごめ1-43-11；发表高等植物和微生物的生理与生化以及生物技术等领域的基础与应用方面的研究论文。影响因子为3.159。(14) New Phytologist (NEW PHYTOL)《新植物学家》创刊于1902年，全年12期，18开，每期156页。原版刊号588C0055；国际刊号：0028-646X；发行出版机构地址：Cambridge University Press, 刊载植物学各领域的研究论文、评论与书评，涉及生物物理学、生理学、生物化学、植物化学、生物技术、生态学等学科。影响因子为3.118。(15) Planta (PLANTA)《植物学》创刊于1925年，全年15期，12开，每期96页。原版刊号：588E0003；国际刊号：0032-0935；发行出版机构地址：Springer-Verlag,Heidelberger Platz3, D-14197 Berlin, Germany；刊载植物生物学原始论文，侧重分子细胞生物学、超微结构、生物化学、新陈代谢、生长、发育、形态发生、生态环境生理学、作物技术、植物与微生物相互作用等方面。影响因子为3.053。(16) Journal of Plant Growth Regulation (J PLANT GROWTH REGUL)《植物生长调节杂志》创刊于1982年，全年4期，18开，每期66页。原版刊号588E0008；国际刊号：0721-7595；发行出版机构地址：Springer-Verlag,Heidelberger 报道植物分子生物学、植物生理学、植物学、生化学、林学、园艺学和农学中有助于基础和应用研究的最新发现，侧重除莠剂在内的天然和全盛物质及其对植物生长发育的影响。影响因子为2.778。(17) Phytopathology (PHYTOPATHOLOGY)《植物病理学》创刊于1911年，全年12期，12开，每期126页。原版刊号：588B0006；国际刊号：0031-949X；发行出版机构地址：American Phytopathological Society, 刊载植物病理学的基础研究论文，图像精密。影响因子为2.450。(18) Australian Journal of Plant Physiology (AUST J PLANT PHYSIOL)《澳大利亚植物生理学杂志》创刊于1974年，全年8期，18开，每期100页。国际刊号：588UA002；国际刊号：0310-7841；发行出版机构地址：CSIRO Publications, 刊载植物生理学领域的研究论文、评论、简报。涉及生物化学、生物物理学、遗传学、细胞生物学结构和分子生物学等。影响因子为2.398。
全转录组投稿期刊
中文期刊要转录组数据。1、转录组原始数据，转录组原始数据包括递交原始序列。2、转录组有两部分数据要递交，中文期刊先是拼接的转录组序列，一个是递交到tsa上，另一个是fastq的原始测序数据。
人类前额叶背外侧皮质转录组尺度的空间基因表达 Kristen R. Maynard 一些基础内容，放在前面： 空间转录组学: 将基因的表达与组织切片的免疫组化图像进行整合，从而将组织内不同细胞的基因表达信息定位到组织的原始空间位置上去，区分哪些基因在组织内是活跃的，达到直观检测组织中不同部位基因表达的差异。 Visium空间转录组是 把切片在芯片上展开 ,在空间上用条形码来保留切片上每个小点的空间位置信息。 流式细胞仪原理 原位测序原理 10x Visium空间转录组分析思路 发表期刊：bioRxiv 发表时间：2020年2月 发表单位：美国约翰霍普金斯医学院等 该研究使用10x Genomics Visium平台研究了六层的人类背外侧前额叶皮层（DLPFC）中基因表达的空间结构。研究确定了广泛的层富集的表达特征，并细化了与以前层标记的关联。将层表达特征叠加到大规模的单核RNA测序数据上，增强了表达驱动簇的空间标注。通过整合神经精神障碍基因集，显示了精神分裂症和自闭症谱系障碍相关基因的差异层富集表达，突出了空间定义表达的临床相关性。之后，开发了一个数据驱动的框架来定义空间转录组学数据中的非监督簇（unsupervised clusters一种机器学习），该簇可以应用于形态学结构不如皮质层状结构定义明确的其他组织或脑区域。最后为科学界创建了一个Web应用程序，以探索这些原始数据和总结数据，以加快目前的神经科学和空间转录组学研究(http://research.libd.org/spatialLIBD)。 （1背景、2目前的方法及缺陷、3全基因组空间转录组学的优势） 背景： 目前的方法以及缺陷：全基因组空间转录组学的优势：3个死亡的，神经正常的成年人脑，每个都在DLPFC位置取4个切片（两组，两组之间相距300微米，组内的两片紧挨着）每一片厚度10微米 取完样本之后，用visium方法建库测序，利用测序数据，将数据分层（大脑灰质的皮层分为6层，下面附带一些白质层，一共7层） 测序完成之后，先做spot的分层，（分层方法：用传统的标志基因，判断spot属于哪个层，同时做t性降维，根据计算结果加入人为注释，把spot分配到各个层中 12个切片一共分配了76个层（8*7+4*5） 对76个层做主成分分析PCA(principal component analysis)，（PCA的特点：在千变万化的数据中找到主要矛盾）可以得到分层的信息 对每个层中高表达的基因进行验证和分析，（这些是以往已知的标记基因） 由本次的visium数据，发现新的在特定层高表达的标记基因 评估之前的研究中确定的层高表达表基因是否合适(P-value.Rank percentile), visium技术可以把广域的空间和广谱的基因表达都进行分析，找出的基因就更具有代表性 Hafner基因集在分布上的特殊性（Hafner基因集：Hafner等人做的突触相关的基因集。 无监督unsupervised(PCA方法的前50个主成分做的聚类)、半监督semi-supervised(富集出来的差异表达基因作为指导，对spot做的聚类)、有监督markers(把以往做的标记基因作为监督条件来进行聚类)聚类分析 (A) DLPFC在垂直于软脑膜表面的解剖平面获得组织块，并延伸至灰质交界处。每个块横跨6个皮层和白质。 (B)实验设计简图，包括从三个独立的神经正常的成年供体中获得的两对“空间复制”。每对由两个直接相邻的10个微米系列组织切片组成，第二对位于第一对后300微米处，共12个样本在视觉平台上运行。 (C)标本151673 DLPFC组织块及相应组织学。 (D-F)显示样本151673中SNAP25 (D)、MOBP (E)和PCP4 (F)基因对数转化归一化表达(logcounts)的spot图。这些基因的表达通过描绘灰质/神经元(SNAP25)和白质/少突胶质细胞(MOBP)的边界并定义L5 (PCP4)，确认了每个样本的空间方向。12个样品的SNAP25, MOBP, PCP4的spot图见图S1，图S2，图S3。 (A)“pseudo-bulked”统计程序的可视化描述，该程序将每个组织切片中的空间转录组数据从点级(约4000个点)折叠为层级(6层+白质)数据。 (B)对所有切片(‘pseudo-bulked’)表达谱的主成分分析(PCA)。第一主成分分离白质和灰质，第二主成分与层相关联。以MOBP为例，对用于评估各层富集的三种统计模型的可视化描述，包括 (C)“方差分析”模型,测试七层方法是否不同 (D)“浓缩”模型,测试每一层是否不同于所有其他层- WM(橙色)和其他6所示层(浅蓝色) (E)“成对”模型,哪些测试彼此每一层相对的另一层- WM所示(橙色)和L3(浅蓝色),其他层的灰色。 (A-D) 左:基因FABP7 (A, L1>rest, p =5.01e-19)、PVALB (B, L4>rest, p =1.74e-09)、CCK (C, L6>WM, p =4.48e19)、ENC1 (D, L2>WM, p =4.61e-25)的对数转化归一化表达(logcounts)箱式图。 中间:样本151673中基因FABP7 (A)、PVALB (B)、CCK (C)和ENC1 (D)的对数转化归一化表达（logcounts）的spot图。 右图:原位杂交(ISH)图像来自Allen人脑图谱的成年人大脑颞叶皮质(A, D)、DLPFC (B)或视觉皮质(C): et al.， 2012)。箱和点图可以使用我们的web应用程序进行重现:。艾伦脑图谱图像的标尺=1.6毫米 (A-D) 左:基因AQP4 (A, L1>rest, p =1.47e-10)、TRABD2A (B,L5>rest, p =4.33e-12)、HPCAL1 (C, L2>rest, p =9.73e-11)、KRT17 (D,L6>rest, p =5.05e-12)的对数转化标准化表达(logcounts)箱式图。 右:样本151673中AQP4 (A)、TRABD2A (B)、HPCAL1 (C)、KRT17 (D)的对数转化归一化表达(logcounts)spot图。 (E)DLPFC皮层条带的多路单分子荧光原位杂交(smFISH)。描述DAPI(核)、AQP4、HPCAL1、TRABD2A、KRT17和脂褐素自身荧光表达的最大强度共聚焦投影。merge图像，无脂褐素自发荧光。【可能是因为脂褐素会自发荧光，所以要merge图像】 （A）空间配准方法概述。 皮尔森相关值的热图评估了我们导出的700个基因的层富集统计数据（y轴）与Hodge等人产生的人类颞叶皮层中snRNA-seq数据的 （B）层富集统计数据之间的关系。 （Hodge等人，2019）（这些数据仅描绘了灰质，x轴上的1-6层）和 （C）细胞类型的统计数据，这些数据由Mathys等人注释 。 来自人类前额叶皮层中的snRNA-seq数据（Mathys等人，2019）（x轴）。 Oli =少突胶质细胞，Ast =星形胶质细胞，Mic =小胶质细胞，Opc =少突胶质前体细胞，Per =周细胞，End =内皮，Ex =兴奋性神经元，In =抑制性神经元。 使用Fisher的精确检验对我们的层富集统计数据与一系列相关的预定义基因集进行了富集分析。 （A）SFARI（Abrahams等人，2013）和Satterstrom等人（Satterstrom等人，2020）的自闭症谱系障碍（ASD）层流富集了102个ASD基因（ASC102）。 根据Gandal等人在PsychENCODE（PE）中的报道，进一步将其分为53个主要为ASD（ASD53）和49个主要为发育迟缓（DDID49）的基因，以及ASD与神经性对照患者大脑中差异表达（DE）的基因 研究（Gandal等人，2018）。 （B）精神分裂症（SCZD）基因，包括来自差异表达（DE）和转录组范围关联研究（TWAS）的基因，这些基因来自大脑的RNA序列数据 与BrainSeq（BS）（Collado-Torres等人，2019）和PE（Gandal等人，2018）研究中的神经型对照相比，患有SCZD的个体与神经型对照相比。 “上”和“下”标签分别表示与神经型对照相比，患有ASD或SCZD的个体中基因的表达水平更高还是更低。 色标表示-log10（p值），其阈值设置为p= 10 -12。重要热图单元内的数字表示富集的比值比（OR） （A）基于细胞结构和选定的基因标记对DLPFC层进行监督注释（如图2 A所示），被用作``ground truth'' 以评估样本151673的数据驱动的聚类结果。 （B）图解说明数据驱动的聚类流水线的示意图，包括： （i）以无偏见的方式识别基因（HVG或SVG）， （ii）对这些基因进行聚类分析（clustering/cluster analysis） （iii）通过与ground truth比较来评估聚类性能。 （C）比较使用Spatial DE（对数似然比，LLR）和DE'富集'模型的基因（图S7）鉴定的SVG的基因方式测试统计数据（图S7）（F统计;包括WM） 对于样品151673。颜色表示选定的基因具有层状（红色阴影）和非层状（黄色阴影）表达模式。 （D）使用样本151673中的Spatial DE（与（C）中突出显示的基因相对应）识别的选定层状（上排）和非层状（下排）基因的表达模式。 （E）可视化聚类结果 （i）``无监督''聚类（方法为``HVG_PCA_spatial''，它使用来自scran的高度可变基因（HVG）（Lun等人，2016）），50个主要成分（PC）来降低维度 ，并包含空间坐标作为聚类的特征）； （ii）“半监督”聚类，这些聚类是通过使用DE富集模型确定的层富集基因进行指导的； （iii）在Zeng等人的已知标记的指导下进行聚类。 （Zeng et al。，2012）（方法详细信息：数据驱动的富层聚类分析和表S10）。 （F）使用手动注释的ground truth layers（如（A）中所示）和adjusted Rand index（ARI），对所有12个样本中所有方法的聚类性能进行评估。 点代表每种方法和样品，结果按聚类方法进行分层（方法详细信息：数据驱动的富层聚类分析和表S10）。 使用适用于每种方法的线性模型（所有方法的总体模型：p = 5.8e-6），P值表示将两个空间坐标作为特征包含在聚类中时ARI得分差异的统计显着性。